Хотя многие считают, что фильм — это биография Моцарта, это мнение ошибочно. Фактически, «Амадей» — трагическая история Антонио Сальери, способного, но не гениального композитора, который предстаёт перед нами в начале, как нежный, добрый и очень религиозный человек, но в конце сходится в яростной схватке с Богом. Эта история поднимает множество вопросов о наших отношениях с Господом, о природе гения и ревности. Ключевая тема фильма —- то, почему Создатель даёт людям желание достичь чего-либо (в данном случае — стать блистательным композитором), но не даёт эквивалентных способностей.

Фильм начинается в сумасшедшем доме, куда уже старый Сальери попал после попытки самоубийства. Молодой священник приходит исповедовать его, и Сальери рассказывает ему историю своей жизни, а события фильма переносят нас в Вену 30 годами ранее…

История Сальери берёт начало в те времена, когда он был придворным композитором при дворе императора Иосифа II (роль исполняет Джеффри Джонс). Он успешен и популярен, доволен своей жизнью и музыкой. Он благодарен Богу, которому поклялся в вечной верности, за дарованные успех и славу. Он ещё не встречал Моцарта, но наслышан о нём и его музыке. Сальери заинтригован его популярностью и ищет с ним встречи на одном из приёмов. Но когда он наконец замечает Моцарта это становится для него потрясением, ведь он видит его, ползающим на корточках и грязно флиртующим с Констанц Вебер (впоследствии ставшей женой Моцарта). Сальери шокирован, он не понимает, как столь прекрасная музыка может быть написана этим юным дураком.

Со временем, после ряда болезненных унижений Сальери понимает, что все его труды ничтожны по сравнению с музыкой Моцарта. Он не может понять, за что Бог предал его. Почему наделил столь великим талантом кощунственного Моцарта, а не его, Сальери? Сальери, который всю жизнь был набожным католиком не может поверить, что Всевышний выбрал Моцарта, а не его для столь великого дара. Но больше всего Сальери не может понять, почему Господь, до этого благоволивший его стремлению к музыке, затем так жестоко сокрушил его. Однажды он в отчаянии восклицает: «Всё, чего я когда-либо хотел — это просто петь Господу. Он дал мне желание этого, которое живёт, словно жажда в моём теле, но отказал мне в таланте. Почему?!».

Сальери начинает казаться, что Бог специально создает прекрасную музыку именно через Моцарта, что бы показать его, Сальери посредственность. Сальери убивается горем. Он отдавал всю свою любовь и музыку Богу, даже дал ради него обет безбрачия. А теперь Всевышний смеётся над его посредственностью. Разъярённый и потеряный Сальери отрекается от Бога. В потрясающей сцене он срывает со стены распятие и сжигает его в огне. Он клянётся, что отныне он, Сальери, будет врагом Господа и обещает отомстить Ему, уничтожив Моцарта.

Всю оставшуюся часть фильма Сальери притворяется союзником и другом Моцарта, в тоже время прилагая все усилия, чтобы разрушить его репутацию и лишить его композиции успеха. Моцарт же опрометчив, как социально, так и материально. Его первоначальный успех пр дворе вскоре исчезает, а многочисленные попойки и вечеринки нанесут сокрушительный удар по его состоянию. Здоровье, брак и репутация Моцарта при дворе серьёзно страдают, но его музыка по прежнему превосходна. Слишком гордый, чтобы преподавать, он лишь сочиняет сам, но этого не хватает, чтобы оплатить его расточительность.

Тогда Сальери и придумывает план своей мести. Он заставляет Моцарта поверить, что его умерший отец воскрес из могилы, чтобы заказать реквием (при жизни отец Моцарта был властным и жестоким, он подавлял творческие стремления Моцарта и сломил его волю), вера, что призрак отца посещает его спровоцировала у Моцарта нервный срыв, и его тяга к алкоголю стала постоянной. Сам план Сальери был безумным и гениальным одновременно. Он состоял в том, чтобы тайно заполучить законченый реквием, убить Моцарта, и затем сыгрть реквием у него на похоронах, утверждая, что он, Сальери написал его. Он полагал, что украв прекрасный реквием Моцарта он украдёт его у самого Бога. А если история запомнит его, Сальери, как гениального композитора, благодаря музыке украденой у самого Господа, его месть будет исполнена.

Тем временем друг Моцарта, Эммануэль Шиканедер предлагает ему написать оперу «для народа». Моцарт соглашается и создаёт Волшебную Флейту. Опера имеет большой успех, но во время представления Моцарт (который работал слишком много, чтобы закончить и реквием и оперу) падает в обморок от изнеможения и Сальери отвозит его домой.

Как только Сальери привозит тяжело больного Моцарта домой, он провоцирует его продолжить писать реквием. Моцарт говорит, что слишком слаб, на что Сальери, в потрясающе трогательной сцене предлагает записать ноты сам, под диктовку прикованного к постели Моцарта. Возможно теперь, Сальери надеется, что сможет открыть тайну музыкального гения Моцарта. Помогая Моцарту он возможно сможет понять и открыть гениальность в себе. Моцарт начинает описывать отрывок и музыка поглощает его, уносит с собой, жужжащего и поющего, постепенно создавая гармонию. Сальери отчаянно старается угнаться за ним, понимая большинство из этого, но в конце, поскольку Моцарт вкладывает слой за слоем всё больше тем в свою музыку, его музыкальное чутьё оставляет Сальери далеко за своими пределами. Сальери сбит с толку, он просто не понимает, что это должна быть за музыка. Гений Моцарта останавливается и поясняет посредственному Сальери всё, чтобы он понял саму структуру. Здесь мы видим наиболее решающее различие между этими композиторами. Сальери никогда не сможет достичи величия. По прошествии некоторого времени, Моцарт, который становится всё слабее и слабее, останавливается, чтобы поблагодарить Сальери, за то, что тот всегда был его другом, допбавляя при этом, что всегда догадывался, что Сальери не любил его музыку. Это трогает Сальери до глубины души, несмотря на всю его злобу, и он искренне произносит: «Я признаюсь тебе. Ты — величайший композитор из всех, что я когда либо знал.»

На следующее утро жена Моцарта возвращается домой, найдя там Сальери она приходит в ярость. Она требует, чтоб он немедленно уехал от них и прячет незаконченый реквием под замок, отказываясь отдать его Сальери. Сальери остаётся с пустыми руками. Констанц идёт к кровати Моцарта, чтобы утешить, но находит его мёртвым. План Сальери терпит крах.

Похороны Моцарта проходят незаметно и его хоронят в безымянной братской могиле.

Повествование переносит нас назад, в сумасшедший дом, и мы видим, что вся эта история была исповедью Сальери молодому священнку. Сальери интонирует священнику, что не он, Сальери, а Бог убил Моцарта. Он говорит, что Всевышний предпочёл убить Моцарта, чем позволить Сальери украсть его музыку.

Затем Сальери горько шутит, что он — покровитель всех посредственностей и будет молиться за посредственного молодого священника и всех посредственностей в мире. В комнату Сальери входит дежурный, и везёт его в кресле каталке к уборным. Поскольку путь туда идёт через весь сумасшедший дом, Сальери провозят мимо множества сумасшедших, в клетках, связанных, ряженых, разглагольствующих или просто смотрящих вокруг, с явными признаками идиотии. Они символизируют борьбу несовершенных людей с беззаботным Создателем. Сальери приветствует их, словно Римский Папа, говоря им: «Посредственности по всему миру, я прощаю вас, я прощаю вас, я прощаю вас, я прощаю вас всех..»

Фильм заканчивается, крупным планом, на Сальери, с трудом закрывающем усталые глаза, ибо ему не даёт покоя память о раздражающем ребяческом смехе Моцарта, который заполняет заключительные секунды фильма, показывая, что Бог всегда смеются последним и нет никакого прощения.